목칠공예문화재는 사용된 재료에 따라 목공예품, 나전칠기, 죽제품, 화각공예품, 목제 조각품 그리고 목조 불상으로 분류하여 처리하고 있다.목칠공예품의 손상원인은 구성 재료인 목재의 수축, 팽창과 더불어 균이나 해충에 의한 것이 주를 이룬다. 목칠기의 보존처리는 우선 손상을 입지 않도록 하는 보존 환경을 조성하여야 하지만 이미 손상이 진행되고 있는 경우 더 이상의 손상을 방지하기 위하여 여러 가지 상황을 고려하면서 시행하게 된다. 또한, 박물관의 특성상 전시를 위한 복원도 진행하여야 한다. 따라서 원래 형태를 가감 없이 유지하고 최대한의 가치를 유지하기 위해서는 기본적으로 전통적인 기술의 이해가 필요하다. 이를 위하여 현미경 관찰, X-ray 촬영, SEM-EDS 분석 등의 다양한 현대의 과학기법을 이용하여 제작기법과 사용재료에 대한 정보를 획득한 후 보존처리를 하여야 한다. 보존처리는 이러한 정보를 바탕으로 전통기법, 가역성可逆性 등을 종합적으로 고려하여 이루어진다.