한국의 전통적 건축정신은 자연과 인공과의 절묘한 조화에서 구할 수 있으며, 화려한 수식이나 섬세한 치장을 거부한 대범한 단순성에서 가장 큰 매력을 찾을 수 있다. 국립중앙박물관은 이러한 한국의 전통적 건축정신을 현대적으로 재해석하여 건축의 기본개념으로 설정하였다. 박물관의 건물계획은 산과 물, 곧 남산과 거울못 사이에 있는 안전하고 평온한 성곽이라는 개념에서 시작된다. 견고한 성곽은 외부와의 단절이라는 긴장감을 자아냄과 동시에 우리를 안전하고 평화롭게 보호한다는 안정감을 상징하고 있다. 또한, 박물관 자체가 두 벽을 세워 만든 공간으로 벽면을 지붕 높이까지 뻗어 오르게 함으로써 성벽의 견고성이 더욱 강조되었다. 이는 천장으로부터 자연채광이 각층 깊숙이 미칠 수 있게 하는 실리적인 기능을 고려한 것이다.

우리나라의 산은 국토 어디에나 존재하며, 일상생활에서 떼어 놓을 수 없다. 산은 물과 어울릴 때에 음과 양으로서 조화와 균형을 이루게 되고, 우리의 삶은 물질적 풍요와 정서적 안정을 누릴 수 있게 된다. 또한 우리 선조들은 자연·인문 환경과 기후 등을 감안하여 북쪽으로는 산이, 남쪽으로는 물이 흐르는 남향받이와 배산임수의 건물 배치를 선호해 왔다. 박물관 마스터플랜에서 남산 기슭이라는 자연환경에 걸맞은 ‘거울못’이라는 거대한 호수를 중심부에 설정한 것은 한국인의 삶에서 산과 물이 어울릴 때 비로소 음과 양이 조화와 균형이 이루게 된다는 전통사상에 근거한 것이다. 또한 박물관의 배치는 대지 안쪽 깊숙한 곳에 남산을 북쪽으로 두고 남쪽으로 한강을 바라보는 전통방식의 남향받이와 배산임수 배치방법으로 이루어졌다.

장대하게 하나로 보이는 건물 가운데에 우리건축의 고유 공간인 대청마루를 상징한 열린마당은 모든 사람에게 개방된 공간으로서 전시실이나 공연장 등 박물관 모든 시설 이용의 시작점이 되는 곳이다. 남산과 거울못 사이에 있는 안전하고 평온한 성곽이라는 개념에서 경관을 구성하며, 거울못, 미르폭포, 배롱나무못 등을 통하여 이웃한 용산가족공원 및 이후 용산공원과 자연스러운 연결을 이루고, 박물관 녹지공간 속에 야외석조물정원, 종각, 전통염료식물원 등을 조화롭게 배치하여 격조 높은 문화공간으로 조성하였다.

국립중앙박물관은 미군기지 이전 후 서울의 중심축이 될 용산공원 조성에 대비하여 박물관 북측에 정면성을 부여하는 광장 및 진입공간을 배치하였으며, 용산공원 가장 남쪽에 위치하여 복합박물관단지(뮤지엄 컴플렉스)의 첫 출발지라는 상징적 의미를 지니고 있다.